Il-Karmelitani kienu ilhom jieħdu ħsieb l-inħawi ta' Fleur-de-Lys sa minn meta ġew f'Santa Venera fis-sena 1913. Wara l-gwerra, fl-1947 huma bnew knisja dedikata lill-Madonna tal-Karmnu u l-kunvent. Fis-sena 1949 il-Ġeneral tal-Ordni, Patri Kiljan Lynch fired il-komunità ta' Fleur-de-Lys minn ta' Santa Venera u għamilha indipendenti. L-ewwel komunità kienet magħmula minn Patri Alfons Zammit, Pirjol, Patri Ġorġ Borg, Patri Daniel Sammut u Fra Ġwann Bonnici.
Fil-25 ta’ Jannar 1975 il-Fleur-de-Lys sar parroċċa. Il-limiti tal-parroċċa kienu meħuda minn dawk tal-Parroċċa ta’ Santa Venera flimkien ma xi ftit familji mill-Parroċċa ta’ Sant’Elena. L-ewwel kappillan kien Patri Amadeo J. Zammit O.Carm. Fl-10 ta’ Frar 1991 meta l-parroċċa kienet taħt it-tmexxija ta' Patri Anthony Parnis O.Carm, il-limiti tal-Parroċċa kienu estiżi b’żieda ta’ familji mill-parroċċi ta’ San Ġorġ, Ħal Qormi, l-parroċċa ta’ Santa Venera u l-Parroċċa ta’ Sant’Elena.
Il-Pirjol Provinċjali Patri Joseph Saliba O.Carm u l-kunsill tiegħu, fil-Kapitlu Provinċjali tas-sena 2021 iddeċidew li jirrinunzjaw għat-tmexxija tal-parroċċa minħabba nuqqas ta' patrijiet. Minufih bdew diskussjonijiet ma' Mons Arċisqof Charles J. Scicluna biex il-Knisja Parrokkjali tal-Madonna tal-Karmnu u l-kumpless anness magħha jgħaddu għand l-Arċidjoċesi ta’ Malta għall-użu pastorali tal-istess parroċċa. Mit-Tnejn 9 ta’ Jannar 2023, il-kura pastorali tal-poplu t’Alla miġbur fil-parroċċa ta’ Fleur-de-Lys waqgħat taħt ir-responsabiltà diretta tal-Kleru djoċesan.
Illum il-parroċċa hija mmexija minn Dun Daren Pace Amministratur Parrokkjali u bl-għajnuna ta' Patri Martin D. Schembri O.Carm u Patri Damian Cachia O.Carm.